原子增加质子的方法是质子化。质子化是原子、分子或离子获得质子（H）的过程，与化学修饰剂的专业性有关。简单的可以理解为和质子化合，即结合一个质子，一般都是该物质有孤对电子，所以可以通过配位键结合一个质子。如H2O变成H3O、NH3变成NH4等等。质子化的逆过程是去质子化。质子化可能是最基本的化学反应，很多化学计量和催化过程中的一步。一些多元离子和原子可以进行多次质子化，例如很多生物高分子。